Lorsque Paul fut arrêté à Jérusalem, il manqua d'être lapidé. Arrêté par les Romains, il argua de sa citoyenneté romaine, affirmant " je suis citoyen romain ", pour être jugé, non par le Sanhédrin, mais par le gouverneur qui le fit emprisonner durant deux ans à Césarée. Puis, à sa propre demande, il fut conduit à Rome pour comparaître devant l'empereur. Une tempête le détourna vers Malte, où il resta quelques mois.

 Il s'installa ensuite à Rome, d'abord en liberté surveillée puis complètement libre. Il y mourut décapité (en tant que citoyen romain), probablement en 67, à la suite de l'incendie de Rome (64), et après un procès probable sous le règne de Néron. 

D’après une tradition du Ve siècle, c’est aux Aquae salviae, sur la via Laurentina, qu'aurait été décapité l'apôtre Paul. Selon la légende, sa tête aurait rebondi trois fois sur le sol, et à chacun de ces trois emplacements une source aurait miraculeusement jailli : d’où le nom de Trois-Fontaines.